Assaisonnez la viande hachée avec de l'origan, du sel et du poivre. Coupez la masse de viande en quatre ; puis appuyez chaque quartier à plat dans la paume de votre main, mettez-y un peu de fromage et façonnez la viande en une boulette remplie de fromage.
Faites bouillir les pâtes dans de l'eau salée jusqu'à ce qu'elles soient al dente, puis rincez-les brièvement. Mélangez les œufs avec le fromage et la farine. Assaisonnez le mélange avec du sel, du poivre et de la noix de muscade.
Mélangez les pâtes avec le mélange fromage-œufs. Tapissez quatre petits bols de film alimentaire, déposez quelques pâtes au fromage et placez une boulette de viande farcie au milieu de chacun d'entre eux. Couvrez la boulette de viande d'une couche de pâtes.
Repliez le film alimentaire et pressez légèrement les pâtes. Ensuite, laissez refroidir les bols au réfrigérateur pendant environ 1 heure.
Rouvrez le film alimentaire et déposez les dômes de pâtes sur une plaque de cuisson recouverte de papier sulfurisé ; retirez soigneusement les plaques et le film alimentaire. Saupoudrez les dômes de pâtes de parmesan et faites-les cuire pendant 35 minutes à 175 °C dans un four, à chaleur tournante, jusqu'à ce qu'elles soient dorées.
Pendant ce temps, faites revenir l'ail et les oignons dans l'huile pour la sauce tomate. Déglacez avec du vin rouge, puis ajoutez les tomates de la pizza et les épices. Laissez mijoter la sauce tomate pendant environ 30 minutes et assaisonnez avec du sel et du poivre.
Avant de servir, étalez de la sauce tomate et du persil frais sur chaque tas de pâtes.